Pada sore hari sehabis jama’ah sholat Ashar, seluruh santri diwajibkan mengikuti pelajaran di Madrasah Diniyah. Adanya kegiatan Madrasah Diniyah ini dimaksudkan untuk mengklasifikasikan para santri sesuai dengan umur dan tingkat pengetahuan mereka dalam ilmu-ilmu agama.
Untuk itu dibuat beberapa jenjang kelas yang memiliki silabus berbeda-beda. Madrasah ini memiliki siswa tidak hanya dari Pesantren saja, namun juga dari luar pesantren (masyarakat luar pesantren/kalong).