Sejarah Singkat Pesantren Al-Mahalli
Pesantren Al-Mahalli merupakan bentuk kebangkitan kembali dari pesantren yang pernah didirikan oleh Al-Maghfurllahu Kyai Muhammad Mahalli Bin Abdullah Umar di Dusun Brajan Desa Wonokromo Kecamatan Pleret Kabupaten Bantul Daerah Istimewa Yogyakarta pada tahun 1937 M, yang pada saat zaman colonial Belanda Pesantren pernah dibumihanguskan.
Putra Almarhum bernama Ahmad Mudjab Mahalli yang lahir pada tanggal 25 Agustus 1958 mulai merintis kembali Pesantren ini, dan pada tanggal 10 Oktober 1982 resmilah berdiri Pesantren Al-Mahalli setelah putra Almarhum menyelesaikan belajarnya di pesantren Salafiyah Banjarsari Tempuran Magelang.
Berawal dari pengajian selapanan (35 hari) dan pengajian keliling di berbagai desa, kemudian atas dukungan dari masyarakat berdirilah sebuah Pondok Pesantren (Islamic Boarding School) dengan asrama yang permanen meskipun masih sederhana. Akhirnya, pucuk dicinta ulam tiba, anak-anak muda dari berbagai daerah dan pelosok desa yang umumnya dari golongan ekonomi lemah berdatangan dengan maksud yang sama, yakni menjadi santri dan tinggal (mondok) di Pesantren Al-Mahalli.
Kegiatan Pesantren Al-Mahalli semakin padat dan diikuti oleh berbagai kalangan. Meningkatnya keperluan dakwah dan makin bervariasinya segmen masyarakat yang perlu dilayani serta tambahnya bidang garap yang harus ditangani, maka didirikanlah lembaga-lembaga otonom di lingkungan Pesantren Al-Mahalli, yaitu PAUD, Raudatul Atfal, Madrasah Tsanawiyah, Madrasah Aliyah, Lembaga kajian Pengembanga Islam dan Masyarakat (LeKPIM), Pos Kesehatan Pesantren (POSKESTREN), Koprasi Pondok Pesantren (KOPONTREN), Madrasah Dinyah, Lembaga Dakwah dan Pemberdayaan Ekonomi Masyarakat dan lain sebagainya yang semuanya memiliki fungsi dan segmen layanan yang berbeda-beda.

Motto Pesantren Al-Mahalli
“Dan carilah pada apa yang telah dianugerahkan oleh Allah kepadamu kebahagiaan negeri akhirat, namun janganlah kamu melupakan bagianmu dari kenikmatan duniawi dan berbuat baiklah kepada orang lain sebagaimana Allah telah berbuat baik kepadamu dan janganlah kamu berbuat kerusakan di muka bumi. sesungguhnya Allah tidak menyukai orang-orang yang berbuat kerusakan.” (ayat 77 surat Al-Qoshos)
VISI
Mewujudkan lulusan Pondok Pesantren yang berakhlakul karimah, mandiri, trampil dan berjiwa sosial.
MISI
- Menciptakan kader-kader yang Tafaqquh Fiddiin.
- Menghidupkan ajaran Rasulullah melalui kajian penelitian ilmiah keagamaan serta pengamalan-pengamalannya.
- Menciptakan komunitas muslim yang Maslahah dan kader umat yang mandiri melalui pendidikan keagamaan dan ketrampilan.
- Melaksanakan dakwah Billisan Wal Hal melalui majlis taklim dan pengabdian pada masyarakat.
- Mewujudkan lingkungan pondok pesantren yang hijau, asri, bersih dan rindang.
- Menggunakan sarana dan prasarana pondok pesantren secara efektif dan efisien.
- Mewujudkan kemitraan dengan stakeholders pondok pesantren untuk meningkatkan kualitas pendidikan dan keagamaan secara berkesinambungan.